Comment restaurer son microbiote ?

Découvrez les 10 règles diététiques d’un microbiote intestinal équilibré et les mesures de mode de vie pour un microbiome en pleine forme.


Restaurer son microbiote intestinal

Le terme « microbiome » désigne le nombre total de microorganismes ainsi que leur matériel génétique présents dans le corps humain. Le microbiote est quant à lui la population microbienne d’une zone particulière du corps. Le microbiote le plus connu étant celui de l’intestin, parfois aussi appelé flore intestinale. Si l’essentiel des microorganismes du microbiome se trouvent dans l’intestin, on va bien parler ici de restaurer l’ensemble du microbiome et pas seulement le microbiote intestinal. Chaque personne possède un microbiome particulier dont l’équilibre dépend de ses gènes, de la manière dont elle est née, de son alimentation et de son mode de vie ainsi que de son hygiène. L’alimentation joue un rôle crucial dans le microbiote intestinal.

Quelles maladies sont liées à des altérations du microbiome ? L’équilibre du microbiome est essentiel au maintien d’un système immunitaire performant. Différents aspects de la vie moderne ont eu des effets profonds sur cet équilibre : vaccinations, produits antibactériens, alimentation industrielle… Plusieurs troubles et maladies ont été associés à des perturbations du microbiome :

  • Syndrome de l’intestin irritable (1)

  • Infection à Clostridium difficile (2)

  • Maladies inflammatoires de l’intestin (recto-colite hémorragique, maladie de Crohn) (3)

  • Obésité et certains troubles métaboliques associés (4)

  • Allergies (5)

  • Certaines pathologies neuro-psychiatriques (schizophrénie, troubles obsessionnels compulsifs, trouble du déficit de l’attention avec hyperactivité (TDAH), anorexie…) (6)

Si vous présentez un trouble de cet ordre vous avez tout à gagner à essayer de restaurer votre microbiome, et en premier lieu votre microbiote intestinal.

Les 10 règles diététiques d’un microbiote équilibré Pour le microbiote intestinal, ce qui semble le mieux fonctionner selon le Dr Robynne Chutkan, une gastro-entérologue américaine spécialiste du microbiome, c’est une alimentation « veléo » c’est-à-dire un mélange de paléo et vegan qui reprend le meilleur de ces deux régimes (7) :

  • Un apport important de végétaux riches en fibres (sous forme de légumes et fruits frais).

  • Des céréales complètes sans gluten (riz, quinoa, millet) et des légumineuses apportant de la bonne nourriture aux microbes.

  • Des protéines maigres de bonne qualité et des graisses animales.

  • Pas de glucides et de sucres raffinés.

Voyons cette alimentation plus en détail.

Règle n°1 : Choisissez soigneusement vos glucides Préférez les aliments glucidiques riches en fibres, à index glycémique bas. Certains végétaux à IG bas sont à privilégier particulièrement (en les introduisant de manière progressive) :

  • Ceux riches en amidon résistant : ce type de glucides est fermenté par la flore intestinale pour produire des acides gras à courte chaîne comme le butyrate qui servent de source d’énergie aux cellules du côlon, ont des vertus anti-inflammatoires et anticancer. Ces glucides agissent aussi comme des prébiotiques dans l’intestin, permettant la croissance des bonnes bactéries. Les aliments riches en amidons résistants sont : les bananes vertes, les petits pois, les lentilles, les flocons d’avoine non cuits, les haricots blancs.

  • Ceux riches en inuline, un fructane qui agit aussi en prébiotique : artichaut, asperge, bananes mûres, endives, ail, poireau, oignon…

Evidemment, pour les personnes souffrant de syndrome du côlon irritable ou de dysbiose, l’idéal est de connaître déjà les FODMAPs bien supportées ou non afin de ne pas générer de symptômes désagréables. De manière générale, si vous mangiez peu de fibres jusque-là, introduisez-les peu à peu dans votre alimentation. Règle n°2 : Mangez chaque semaine des végétaux lacto-fermentés Les légumes lacto-fermentés, comme la célèbre choucroute alsacienne, contiennent des probiotiques (de bonnes bactéries pour les intestins) et des prébiotiques (de quoi bien nourrir les bactéries). Faciles à réaliser soi-même, ils se conservent aussi longtemps. Le mieux est de les utiliser comme condiments à quasi chaque repas. Règle n°3 : Consommez la bonne quantité de produits animaux Des chercheurs de l’université de Harvard ont étudié en 2014 l’impact de deux diètes très différentes sur le microbiome de 9 volontaires (8). Résultats : 5 jours d’une alimentation riche en gras, pauvre en fibres et contenant beaucoup d’aliments d’origine animale (charcuterie et fromages) suffisent à diminuer la variété des bactéries du microbiome et à privilégier celles qui sont associées à l’inflammation. Ce n’est pas nécessairement parce que la viande n’est pas bonne pour le microbiome qu’on observe ces résultats mais surtout parce que ce dernier a besoin de suffisamment de fibres pour être équilibré. Dans la mesure où la taille de notre assiette ne change pas, et que ces fibres sont nécessaires, mieux vaut limiter la viande et les produits animaux. La règle est de considérer la viande comme un condiment et les végétaux comme le plat principal. Privilégiez toujours les viandes et les produits laitiers issus d’animaux nourris à l’herbe, sans antibiotiques (ou bio).

Règle n°4 : Mangez plus de végétaux Consommer plus de végétaux (légumes, légumineuses, céréales, fruits) est la meilleure stratégie pour améliorer son microbiote intestinal. En effet, les végétaux contiennent les fibres (prébiotiques) dont les bactéries se nourrissent et la variété des végétaux que vous mangez se reflètera dans la variété des bactéries de votre intestin. Comme précisé dans la règle n°3, les végétaux doivent prendre 85 à 100% de votre assiette, en variant les couleurs, les familles et en privilégiant les légumes et fruits de saison.

Règle n°5 : La saleté des végétaux ne nuit pas (au contraire) Choisissez vos légumes, fruits, céréales et légumineuses issus de l’agriculture biologique ou chez un agriculteur dont vous connaissez les (bonnes) pratiques. Outre leur absence de pesticides, les légumes bio et locaux sont plus frais, plus riches en nutriments (non perdus dans le transport) et ils ont encore des bactéries sur eux. Acheter un légume qui a encore de la terre, qui n’est pas parfaitement calibré et régulier est une garantie d’apport en nutriments et bactéries de qualité (même si, bien sûr, vous le lavez avant de le manger).

Règle n°6 : Dites non au sucre Le sucre nourrit les bactéries intestinales mais malheureusement pas celles dont vous devez encourager la croissance. Les études ont montré qu’une alimentation riche en sucre pouvait conduire à un surdéveloppement des levures et des bactéries pathogènes. Et les édulcorants sont aussi néfastes au microbiote intestinal, voire plus, que le sucre. Que vous arrêtiez le sucre de manière progressive ou que vous le stoppiez de manière drastique, votre flore microbienne arrivera à un point où les bactéries qui se nourrissent de sucre deviendront minoritaires, ce qui rendra les fringales de sucre bien plus gérables et moins fréquentes. Le miel, avec son index glycémique bas et ses propriétés prébiotiques, peut représenter une bonne alternative (sauf en cas de dysbiose sévère ou de mycose).

Règle n°7 : Focalisez-vous sur les aliments ajoutés, pas ceux qui sont supprimés C’est plus l’absence d’aliments sains qui pose problème que celle d’aliments transformés en général : mieux vaut se faire plaisir avec une part de gâteau en mangeant à côté suffisamment de poireaux et d’asperges, que se priver. Si vous ou vos proches sont « difficiles » à table, ajouter des fibres à leur assiette est un meilleur service à rendre à leur flore intestinale que supprimer leurs mets préférés. Ils auront de toute façon moins de place pour des aliments moins intéressants pour leur microbiote.

Règle n°8 : Ré-entraînez vos papilles Apprendre graduellement à ses papilles à aimer des légumes verts à feuilles un peu amers tout en supprimant les sucres permet de rééduquer son palais. Cela peut prendre des mois, voire des années, pour se défaire de ses habitudes mais il arrive forcément un moment où on en vient à savourer les légumes et à ne plus soupirer après les desserts. Voici quelques astuces pour mettre plus de fibres dans l’assiette et rééduquer ses papilles l’air de rien ou presque :

  • Remplacer les pâtes par des spaghettis de courgette (ou des fusillis de lentilles)

  • Utiliser des patates douces pour faire des frites à la place des pommes de terre

  • Remplacer le riz par de la semoule de chou-fleur (chou-fleur râpé cru)

  • Ajouter des épinards frais ou du chou kale dans les smoothies de fruits ou les œufs brouillés

  • Mettre du poireau et du céleri dans les soupes et ragoûts

  • Manger des fruits secs (dattes, abricots, raisins) avec des noix, noisettes ou amandes en cas de fringales sucrées.

Règle n°9 : Éliminez les aliments ultra-transformés Les aliments ultra-transformés contiennent en général des additifs, ennemis de la flore intestinale. Ils peuvent aussi contenir des toxiques et des hormones. La plupart de leurs fibres sont supprimées lors de leur fabrication. Il faut donc les traquer sans pitié.

Règle n°10 : Pensez 1-2-3 légumes Compter les calories, la teneur en glucides, la quantité de protéines ou de fibres est fastidieux. Pour manger plus de fibres et de végétaux en général, donc faire du bien à votre intestin, il « suffit » de suivre la règle du 1-2-3 : 1 légume au moins au petit déjeuner, 2 au repas de midi et 3 au dîner.

Par exemple : une omelette aux épinards le matin, une salade de crudités à midi, et une salade (laitue), du concombre et des asperges vapeur le soir.

Les aliments à éviter Consommés régulièrement les aliments suivants sont associés à des dysbioses et autres maladies digestives :

  • Les laitages (sauf beurre clarifié)

  • Le sucre (miel bio excepté)

  • Les édulcorants

  • Les produits à base de maïs

  • Les aliments qui contiennent du gluten (farine de blé, de seigle, d'épeautre, pain à base de ces farines, semoule, etc.)

  • Les céréales (sauf riz brun, basmati et pseudo céréales comme le quinoa, le millet, l’amarante…)

  • Les pommes de terre

  • Les pâtes (sauf celles à base de riz complet ou de quinoa, ou bien encore de sarrasin ou de lentilles)

  • Les aliments glucidiques industriels (et tous les aliments ultra-transformés)

  • Les huiles raffinées

  • Les sodas (et les sodas light)

  • Les jus de fruits

Devez-vous prendre des probiotiques ? Lesquels ? Les probiotiques sont, selon la définition de l'OMS, « des microorganismes vivants qui, administrés en quantité adéquate, ont des effets bénéfiques sur leur hôte ». Présents naturellement dans les yaourts et tous les aliments fermentés, ils sont utilisés depuis des milliers d'années comme adjuvant de traitements médicaux. Ils aideraient à supprimer les agents pathogènes, stimuleraient le système immunitaire, réduiraient l'inflammation, et participeraient à maintenir l'intégrité de la barrière intestinale. Si prendre des probiotiques est devenu aussi populaire que se supplémenter en vitamines, tous les probiotiques ne sont pas bons à prendre, surtout pour n'importe quoi. Voici les affections pour lesquelles il existe des preuves scientifiques de leurs bénéfices :

  • Acné

  • Diarrhée liée à la prise d'antibiotiques, infectieuse ou tourista

  • Vaginite d'origine bactérienne

  • Infection à Clostridium difficile

  • Dysbiose intestinale

  • Maladies inflammatoires de l'intestin

  • Syndrome de l'intestin irritable

  • Hyperperméabilité de l'intestin

  • Sinusites

  • Cystites

  • Infections par levures

Les effets des probiotiques sur le microbiote sont difficiles à évaluer, et les résultats sont plus ou moins longs à obtenir.

Dans tous les cas, il faut choisir des probiotiques contenant au moins 50 milliards de cellules souches bactériennes viables (ou unités formatrices de colonies, UFC) des deux principales souches de bactéries : lactobacilles et bifidobactéries. Privilégier les gélules entérosolubles pour éviter la destruction des bactéries par l’acidité de l’estomac.

Les autres mesures à prendre

  • Se laver moins souvent tout le corps et éviter l'eau chlorée (utiliser un filtre au niveau des robinets) ; limiter le savon et n'utiliser que des savons naturels, saponifiés à froid.

  • Utiliser des produits nettoyants naturels pour la maison comme pour la peau (trouvez des recettes pour en faire vous-même dans Famille Zéro Déchet – Ze Guide)

  • Bouger plus

  • Mieux dormir

  • Gérer son stress

  • Passer du temps dans la nature, de préférence au contact des animaux

  • Pour les femmes : privilégier dans la mesure du possible un accouchement par voie basse et un allaitement au sein

  • Adopter un chien ou vivre à la campagne (si possible)

  • Éviter les antibiotiques autant que possible, les médicaments anti-acides et les inhibiteurs de pompe à protons (IPP), les corticostéroïdes, la pilule contraceptive (les hormones en patch ou diffusées localement peuvent être prises), les AINS (ibuprofène et aspirine).

Vous l’aurez remarqué, restaurer son microbiome c’est avant tout restaurer sa flore intestinale et pour cela manger vrai. Mais il faut retenir que toute mesure de prévention sera toujours plus importante pour le microbiome qu’une mesure de traitement. Remplacer les bactéries perdues suite à un traitement antibiotique ou une alimentation trop riche en sucres raffinés est bien plus difficile que de préserver la variété de bactéries accumulées depuis sa naissance et les probiotiques, même s’ils sont utiles, ne sont pas la panacée.

Références (1) Ohman L, Simren M. Intestinal microbiota and its role in irritable bowel syndrome (IBS). Curr Gastroenterol Rep. 2013;15(5):323. (2) Brandt LJ. American Journal of Gastroenterology Lecture: intestinal microbiota and the role of fecal microbiota transplant (FMT) in treatment of C. difficile Infection. Am J Gastroenterol.2013;108(2):177-185. (3) Walker AW, Sanderson JD, Churcher C, et al. High-throughput clone library analysis of the mucosa-associated microbiota reveals dysbiosis and differences between inflamed and non-inflamed regions of the intestine in inflammatory bowel disease.BMC Microbiol. 2011;11:7. (4) Ley RE, Turnbaugh PJ, Klein S, Gordon JI. Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity.Nature. 2006;444(7122):1022-1023. (5) Russell SL, Finlay BB. The impact of gut microbes in allergic diseases.Curr Opin Gastroenterol. 2012;28(6):563-569. (6) Hornig M. The role of microbes and autoimmunity in the pathogenesis of neuropsychiatric illness.Curr Opin Rheumatol. 2013;25(4):488-795. (7) Robynne Chutkan : The microbiome solution, Penguin Random House LCC, 2015. Sahil Khanna, Pritish K. Tosh. A Clinician’s Primer on the Role of the Microbiome in Human Health and Disease. Mayo Clin Proc.January 2014;89(1):107-114 (8) Lawrence A. David, Corinne F. Maurice, Rachel N. Carmody, David B. Gootenberg, Julie E. Button, Benjamin E. Wolfe, Alisha V. Ling, A. Sloan Devlin, Yug Varma, Michael A. Fischbach, Sudha B. Biddinger Rachel J. Dutton, Peter J. Turnbaugh. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature. 2014 Jan 23; 505(7484): 559–563.